Pasteur được chỉ định làm chủ tịch ngành Hóa thuộc khoa Khoa học của Đại học Strasbourg. Năm 1854, ông làm trưởng khoa mới của khoa khoa học tại Đại học Université Lille Nord de France Lille. Đó là dịp ông phát biểu rằng: "dans les champs de l'observation, le hasard ne favorise que les esprits préparés." (Trong lĩnh vực quan sát, cơ hội chỉ đến với những cái đầu biết tính toán.[7]) Năm 1857, ông chuyển đến Paris làm giám đốc cơ quan khảo thí khoa học tại École Normale Supérieure từ 1858 đến 1867 và đã đưa ra một loạt cải cách. Các kỳ thi đã trở nên cứng nhắc hơn, dẫn đến kết quả tốt hơn, cạnh tranh hơn, và tăng uy tín. Ông đưa ra các tiêu chuẩn về công trình khoa học, dẫn đến hai cuộc nổi dậy nghiêm trọng của sinh viên.[2] Năm 1862, ông được chỉ định làm giáo sư địa chất, vật lý, và hóa học tại École nationale supérieure des Beaux-Arts, ông giữ vị trí này cho đến năm 1867. Ở Paris, ông thành lập Viện Pasteur năm 1887 do ông làm giám đốc cho đến cuối đời.[3][4][6]